Le sommet du mont Sainte-Anne est recouvert d’une forêt de type sapinière à bouleau blanc de l’Est. On y retrouve des plantes plutôt rares au Québec : les plantes arctiques-alpines.

Les massifs du mont Sainte-Anne et du mont Blanc font partie du sous-domaine bioclimatique de la sapinière à bouleau blanc de l’Est. Le paysage forestier y est dominé par les peuplements de sapins et d’épinettes blanches, mélangés à des bouleaux blancs sur les sites mésiques (habitat à l’humidité moyenne).

Les secteurs du mont Sainte-Anne et du mont Blanc abritent plusieurs espèces d’intérêt, notamment des plantes endémiques ou rares de la Gaspésie. Parmi celles-ci, certaines sont des plantes vasculaires calcicoles (qui poussent bien en sol calcaire, riche en carbonates) des milieux ouverts naturels.

D’autres représentent des espèces arctiques-alpines répandues dans le nord du Québec. Les falaises calcaires de basse altitude renferment aussi de nombreuses bryophytes rares (comme les mousses) et l’escarpement environnant le mont Sainte-Anne est
reconnu comme l’un des sites les plus importants à l’échelle du golfe du Saint-Laurent.

Les plantes rares arctiques-alpines et subalpines, qui ont suivi le retrait du dernier glacier il y a environ 12 500 ans, n’ont pu persister à la latitude de la Gaspésie que dans des habitats reliques impropres à la colonisation des espèces forestières et simulant
l’environnement arctique de manière permanente.

À basse altitude, de tels habitats se retrouvent dans des platières graveleuses de grands cours d’eau et dans des falaises calcaires comme celles du mont Sainte-Anne. Au niveau des falaises, ces plantes se retrouvent principalement dans la zone étroite comprise entre la base de la paroi verticale et le haut des talus d’éboulis, au sommet des falaises et sur les corniches.

Quelques espèces de plantes vasculaires d’intérêt sont observées dans le massif des monts Sainte-Anne et Blanc. La Drave à graines imbriquées est une espèce désignée « menacée » au Québec. Plusieurs autres, telles l’Antennaire de Howell, l’Antennaire en coussin, l’Arabette de Boivin, l’Arabette du Québec, le Calypso bulbeux, le Chalef argenté, la Dryoptère fougère-mâle, la Pipérie d’unalaska, la Polystic faux-lonchitis, la Verge d’Or à grappes, la Verge d’Or simple et la Vergerette à feuilles segmentées se retrouvent pour leur part sur la liste des plantes susceptibles d’être désignées «menacées» ou «vulnérables» au Québec.

La Vergerette à feuilles segmentées a été découverte sur le mont Blanc par Pierre Dansereau le 6 août 1934. Dans ce secteur, le conglomérat caractéristique de la Formation de Bonaventure est propice à cette espèce calcicole. Cette espèce relique, survivante de l’ancienne flore interglaciaire, se retrouve sur les falaises, les corniches et autres endroits exposés et élevés. Le secteur de la Grande Crevasse supporte plusieurs individus.

Dans le parc national de l’Île-Bonaventure-et-du-Rocher-Percé, des espèces rares sont aussi présentes.