À Percé, la Formation de Forillon, qui compose le Rocher Percé, se présente sous forme de calcaires à grains fins, grisâtres à rougeâtres. La base de la formation contient des interlits cherteux, de mudstone calcareux et de calcaires silteux. Le sommet de la séquence est composé, quant à lui, de calcaires parfois dolomitiques ou siliceux. Cette formation est d’ailleurs observable ici, à l’extrémité nord de l’île Bonaventure, au géosite du Mur Noir. La Formation de Forillon est la plus vieille à ce géosite, avec ses roches sédimentaires du Dévonien inférieur. La faille Percé est située en bordure de cette unité et s’étend même le long du Rocher Percé jusqu’à l’intérieur des terres.
Au Mur Noir, se retrouvent aussi des unités carbonifères comme des grès de la Formation de Bonaventure, qui reposent en discordance sur la Formation de La Coulée, cette dernière principalement composée ici de calcrètes phréatiques. À titre de comparaison, la Formation de La Coulée au géosite de la Grotte, montre une lithologie différente correspondant à une portion plus sommitale de sa séquence, dont des conglomérats gris à clastes subanguleux. Ceux-ci, au Mur Noir, ont été érodés en plus d’avoir été affectés par la calcrétisation, avant la sédimentation de la Formation de Bonaventure. Ce sont donc les vestiges de calcrète plus compétents, qui ont résisté à l’érosion, qui sont aujourd’hui observables à plusieurs endroits à Percé, dont au Mur Noir. La rareté de ces calcrètes en fait un bon marqueur stratigraphique pour caractériser la région (Jutras et al., 2005) et elles seraient même la seule occurrence pré-Quaternaire d’un tel faciès (Jutras et al., 1999). Ce type de calcrète se forme en environnement aride, où vont se mélanger des eaux douces et les eaux salées d'un bassin évaporitique.
À cet endroit, la Formation de Bonaventure montre davantage de grès que de conglomérats, ce qui est commun à la base de sa séquence. La couleur rouge des sédiments est toujours présente, occasionnée par l’oxydation de minéraux de fer qui s’y trouvent. La Formation de Bonaventure est contemporaine aux deux autres formations sédimentaires trouvées sur place, bien que la Formation de La Coulé soit aussi du Carbonifère.
Tout le secteur est caractérisé par un relief sous-marin prononcé et les adeptes de plongée sous-marine y sont très actifs. Cette topographie et les courants marins soutiennent une importante population de homards exploitée commercialement, dans un esprit de développement durable. Il s’agît aussi d’un site propice à l’observation des phoques.